经原西南师范大学批准于2002年9月18日成立，胡昌华教授、谈锋教授和谢建平研究员任正副所长。围绕全球重大科学问题、国家和社会需求重点开展如下研究：1.重大传染病和重要致病菌的致病耐药机理、新药物靶标发现、新型筛药模型构建与应用、高内涵药物筛选；2.大宗微生物发酵产品的相关的菌种改良、工艺创新和精细工程；3.重大传染病相关的全球性协同创新与转化医学研究。承担国家重要传染病科技重大专项、国家自然科学基金、国家973和863、重庆市和教育部重点重大项目近20项，到校经费千余万元。发表SCI论文100多篇，申请发明专利近30项，编写教材、专著十余部。主讲全国文化素质视频精品课程，主持全国性会议2次、国际性会议1次，派出留学生20余名，接受留学生20余名。
